一、
我國農業信用保證制度係自民國60年代即著手研議，政府與有關機構成立研究小組，並赴日本研習考察，咸認實施農業信用保證制度將有助於解決農家資金需求問題。嗣由財政部邀集各級有關機關、行庫、團體多次研商，擬議「台灣地區實施農業信用保證制度可行性之探討」，提經中央銀行農業金融策劃委員會第35次會議決議通過，並草擬「台灣地區農業信用保證制度實施方案」，報奉行政院72年3月7日台財字第4139號函准予照辦。農業信用保證基金乃於72年9月27日正式成立，由政府機關、農業行庫及農、漁會共同捐助基金，以財政部為目的事業主管機關。
二、
政府為使金融監理制度一元化，以健全金融機構業務經營，維持金融穩定與促進金融市場發展，於93年7月1日起新設「行政院金融監督管理委員會」，本基金即日起自財政部移歸行政院金融監督管理委員會主管。
三、
基於輔導農業發展，貫徹農業發展條例第57條「為協助農民取得農業經營所需資金，政府應建立農業信用保證制度，並予獎勵或補助。」及農業金融法第9條「農業金融機構對農業用途之放款，應優先承作；對擔保能力不足之農民或農業企業機構，應協助送請農業信用保證機構保證。」之規定，本基金自95年1月1日起改隸行政院農業委員會主管。
協助擔保能力不足之農漁民增強受信能力，獲得農業經營所需資金，以改善農漁業經營，提高農漁民收益。
促使農業金融機構積極推展農業貸款業務，以發揮其融資功能。
協助參加農業發展計畫之農漁民籌措配合資金，以提高政府農業政策推行績效。
本基金成立時，基金總額為新台幣3億元，分別由政府機關捐助60％，農業行庫捐助30％，農漁會捐助10%。嗣於91年奉財政部核定調整各單位捐贈之比例，分別為中央政府65％，簽約銀行30％及簽約農、漁會5％。
